本刊（曾用名《真菌学报》、《菌物系统》）是中国科学院主管的全国性的菌物学学术期刊。报道菌物（真菌、粘菌、卵菌等）学研究领域最新成果。主要刊登菌物系统分类学、菌物分子与细胞生物学、菌物区系地理学、菌物多样性及资源开发利用、动植物病原菌物学、医学真菌学、食用和药用真菌学等方面的研究论文。本刊是中国自然科学的核心期刊，已被国内外权威检索系统收录，主要包括Abstracts of Mycology（美国“菌物学文摘”）；Bibliography of Systematic Mycology（英国“系统菌物学文献目录”）；Bibliographie der Pflanzenschutzliteratur（德国“植物保护文献目录”）；CA（美国“化学文摘”）；CABI（英国“国际应用生物科学中心”）； Index Copernicus（波兰“哥白尼索引”）；Index of Fungi（英国“菌物索引”）； Review of Plant Pathology（英国“植物病理学文摘”）；中国科技信息研究所数据库（CJCR）；中科院文献情报中心《中国科学引文数据库》（CSCI）等，促进了国内外学术交流。主要读者对象是菌物学工作者及农、林、医、轻工等科研、教学和技术人员。
菌物学报 
